1750’de Çin işgali başlamış ve 1862 tarihine kadar sürmüştür. Bu süre içinde Doğu Türkistan’da 42 isyan hareketi olmuştur. 1863’te Mehmed Yakup Bey, Kaşgar merkez olmak üzere devlet kurmayı başarmıştır. Bu devlet Abdülaziz’den istedikleri yardımı almışlardır. Mehmed Yakup Bey, en büyük desteği ise II. Abdülhamid tarafından görmüştür.
Desteğe rağmen kurulan devlet uzun ömürlü olamamıştır. Yakup Bey’in 1877 yılında vefat etmesi üzerine Çin hemen Doğu Türkistan’a saldırmıştır. 18 Mayıs 1878’de Doğu Türkistan’ın tamamını işgal etmiştir. 18 Kasım 1884’te Çin imparatorunun emriyle 19. eyalet olarak Şin-cang (Xin Jian “Yeni Toprak”) adıyla doğrudan İmparatorluğa bağlanmıştır.
1931 yılında Kumul kentinde bağımsızlık mücadelesi neticesinde bölgedeki Çinlilere karşı zafer kazanılmış ve 12 Kasım 1933 günü. Kaşgar’da Doğu Türkistan İslâm Cumhuriyeti Kaşgar şehrinin Könci (Göncü) mahallesinde halkın ve milli askerlerin coşkulu gösterileri ve tekbir sesleri arasında Ayyıldızlı Gökbayrak göndere çekilerek ilan edildi. Bu merasimde Hükümet üyeleri ilan edilerek halka tanıtıldı. Anayasa ilan edildi ve devlet marşı okundu. Milli Meclis kuruldu.
Doğu Türkistan İslam Cumhuriyeti’nin ilk ve son Cumhurbaşkanı Hoca Niyaz Hacı oldu.
Devlet Başkanı: Hoca Niyaz Hacı,
Başbakan: Sabit Damolla
Başbakan Yrd.: Canabek
Devlet Bakanı Alem Ahun
Milli Savunma Bakanı: Orazbek
Genel Kurmay Başkanı: Gn. Mahmut Muhiti
İç işleri Bakanı Saidzade Yunus Bek
Dış İşleri Bakanı: Kasım Can Hacı
Eğitim Bakanı: Abdülkerimhan Mahdum
Vakıflar Bakanı Şemsettin Turdı Hacı
Adalet Bakanı: Zari f Kan Hacı
Tarı Bakanı: Ebulhasan Hacı
Maliye Bakanı: Ali Ahunbay
Sağlık Bakanı: Übeydullah Bey
Cumhuriyet Ambleminde de yer aldığı gibi devletin temeli şu dört esas üzerinde kurulmuştu, İslâmiyet, bağımsızlık (Azadiyet), adalet ve uhuvvet (Kardeşlik) bu Cumhuriyet’in yönetimi dış ilişkilerine çok önem vermiş ve bu hususu anayasaya da koymuştur. Doğu Türkistan İslâm Cumhuriyeti ilan edildikten sonra Dış İşleri Bakanı Kasımcan Hacı ilk iş olarak Doğu Türkistan Cumhuriyetin kurulduğunu Peşaver'den Ankara'ya çektiği bir telgrafla Türkiye Cumhuriyeti'ne müjdeliyor ve Gökbayrak'tan Albayrak'a selam gönderiyordu.
Hükümet Türkiye, Hindistan, Afganistan ve bazı Avrupa ülkelerine gönderdiği temsilcileri kanalı ile devletin tanınması, kalkınması için maddi yardım en önemlisi istiklalinin güçlü ve saldırgan komşularına karşı korunmasını talep ediyordu.
Devletin başından beri en büyük komşusu Sovyet Rusya ile ilişkisi olmamıştır. Her iki taraf birbirlerine soğuk bakmıştır. Esasında Sovyetler yanı başında bir Türk devletinin varlığını tehlikeli görüyordu.
İngiltere ise Ona Asya'da müstakil bir Türk İslam Devlet'inin kendi egemenliğindeki Hindistan için kötü örnek teşkil edeceği gerekçesi ile bir türlü kabule yanaşmadı. Fakat olayları çok yakından takip etmekten de geri durmuyordu. Türkiye'ye gönderilen İzmirli Dr. Mustafa Kenüi’ye zamanın Dış işleri Bakanı Tevfik Rüştü Aras şöyle diyordu; "Sovyetler Birliği ile komşu olan devletler, her şeyden önce bu devletle iyi geçinmesi gerekir" Devam edecek…